Các nhà môi trường e ngại về sự mất đi tính đa dạng sinh học từ việc phá hủy rừng, cũng như về việc giải phóng cacbon chứa trong thảm thực vật, điều này làm gia tăng sự ấm lên toàn cầu. Các rừng thường xanh Amazon chiếm khoảng 10% nguồn sản sinh chính yếu trên đất liền của thế giới và cũng khoảng 10% nguồn lưu trữ cacbon trong các hệ sinh thái[20]—cỡ khoảng 1,1 × 1011 tấn cacbon[21]. Rừng Amazon ước tính tích lũy khoảng 0,62 ± 0.37 tấn cacbon mỗi hecta mỗi năm trong giai đoạn từ năm 1975 tới năm 1996[21].

Một mô hình máy tính về thay đổi khí hậu trong tương lai gây ra bởi bức xạ khí nhà kính chỉ ra rằng rừng mưa Amazon có thể trở thành không ổn định trong các điều kiện suy giảm mạnh lượng mưa và gia tăng nhiệt độ, dẫn tới sự mất đi sự che phủ rừng mưa gần như hoàn toàn vào khoảng năm 2100[22][23]. Tuy nhiên, các giả lập về thay đổi khí hậu trong lưu vực sông Amazon trong nhiều mô hình khác nhau là không thống nhất trong ước tính của chúng về lượng mưa, dao động trong khoảng từ tăng yếu tới giảm mạnh[24]. Kết quả chỉ ra rằng rừng mưa có thể bị đe dọa trong thế kỷ XXI bởi thay đổi khí hậu cùng với việc chặt phá rừng.

Năm 1989, nhà môi trường C.M. Peters và 2 đồng nghiệp thông báo rằng có sự thúc đẩy kinh tế và sinh học để bảo vệ rừng mưa. Một hecta tại khu vực Amazon thuộc Peru được tính toán có giá trị 6.820 USD nếu rừng giữ nguyên vẹn để được thu hoạch ổn định lấy quả, nhựa mủ và gỗ; 1.000 USD nếu đốn hạ để lấy gỗ thương mại (không thu hoạch ổn định); hay 148 USD nếu dùng làm bãi chăn thả gia súc[25].

Do các lãnh thổ bản xứ vẫn tiếp tục bị phá hủy bởi sự chặt phá rừng và những kẻ tàn phá hệ sinh thái, chẳng hạn như các cộng đồng người bản xứ Amazon thuộc Peru[26] vẫn tiếp tục biến mất thì các cộng đồng khác, như người Urarina, vẫn tiếp tục tranh đấu vì sự sinh tồn văn hóa của họ cũng như cho số phận các lãnh thổ rừng của họ. Trong khi đó, mối quan hệ giữa các loài linh trưởng phi người trong sự tồn tại và biểu tượng hóa của người Nam Mỹ bản xứ vùng đất thấp đã thu được sự chú ý gia tăng, do có các cố gắng bảo tồn tren cơ sở dân tộc-sinh học và cộng đồng.

Từ năm 2002 tới năm 2006, vùng đất bảo tồn trong rừng mưa Amazon đã tăng gần gấp ba và tốc độ chặt phá rừng tại đó giảm xuống tới 60%. Khoảng 1.000.000 km² (250 triệu mẫu Anh) đã được quy hoạch thành một vài dạng bảo tồn, bổ sung thêm cho lượng hiện tại là 1.730.000 km² (430 triệu mẫu Anh)[27]

Giám sát từ xa

Sử dụng các dữ liệu giám sát từ xa cải thiện đáng kể kiến thức và hiểu biết của các nhà bảo tồn về lưu vực Amazon. Với các phân tích che phủ đất đai trên cơ sở hình ảnh vệ tinh có giá thành không quá đắt và khách quan, dường như là công nghệ giám sát từ xa sẽ là một phần không thể thiếu trong việc đánh giá phạm vi tổn thất của việc chặt phá rừng trong lưu vực[28]. Ngoài ra, giám sát từ xa là tốt nhất và có lẽ là cách thức duy nhất để nghiên cứu Amazon ở quy mô lớn[29].

Sử dụng công nghệ giám sát từ xa để bảo tồn Amazon cũng được các bộ lạc bản xứ trong lưu vực sử dụng để bảo vệ các vùng đất bộ lạc của họ khỏi các lợi ích thương mại. Sử dụng các thiết bị GPS cầm tây và các chương trình như Google Earth, các thành viên của bộ lạc Trio, những người sống trong rừng mưa miền nam Surinam, đã lập bản đồ các vùng đất tổ tiên của mình để giúp tăng cường các yêu sách lãnh thổ của họ[30]. Hiện tại, phần lớn các bộ lạc trong lưu vực Amazon không có các ranh giới định nghĩa rõ ràng, làm cho lãnh thổ của họ dễ dàng trở thành mục tiêu của việc xâm phạm thương mại các nguồn tài nguyên thiên nhiên. Thông qua công nghệ lập bản đồ rẻ tiền, bộ lạc Trio hy vọng có thể bảo vệ được vùng đất tổ tiên của mình.

Nhằm lập bản đồ chính xác sinh khối của lưu vực Amazon và bức xạ cacbon liên quan sau đó, thì việc phân loại các giai đoạn phát triển cây gỗ trong các phần khác nhau của rừng là quan trọng. Năm 2006 Tatiana Kuplich đã phân chia cây gỗ trong lưu vực Amazon thành 4 thể loại:

1. Rừng thành thục.
2. Rừng tái sinh [ít hơn 3 năm]
3. Rừng tái sinh [từ 3 đến 5 năm tái phát triển]
4. Rừng tái sinh [11 tới 18 năm phát triển liên tục].[31].

Nhà nghiên cứu này đã sử dụng sự kết hợp của Radar độ mở tổng hợp (SAR) và Thematic Mapper (TM) để đặt chính xác các phần khác nhau của lưu vực Amazon vào một trong bốn thể loại nói trên.

Ảnh hưởng của khô hạn Amazon

Năm 2005, một số phần của lưu vực Amazon đã trải qua thời kỳ khô hạn tệ hại nhất trong vòng 100 năm qua[32] và có những chỉ thị cho thấy năm 2006 là năm khô hạn kế tiếp[33]. Bài báo ngày 23-7-2006 trên báo The Independent của Anh thông báo các kết quả của Trung tâm nghiên cứu lỗ hổng rừng chỉ ra rằng rừng Amazon ở tình trạng hiện tại của nó chỉ có thể chịu đựng được 3 năm khô hạn[34][35]. Các khà khoa học tại Viện nghiên cứu Amazonia quốc gia Brasil trong bài báo cho rằng sự khô hạn này, cùng với các hiệu ứng của chặt phá rừng lên khí hậu khu vực, đang đẩy rừng mưa về phía "điểm đỉnh" mà tại đó nó bắt đầu tàn lụi không thể đảo ngược được. Bài báo kết luận rằng rừng đang ở bờ vực để trở thành xavan hay sa mạc, với các hậu quả thảm hại cho khí hậu thế giới.

Theo WWF, sự kết hợp của thay đổi khí hậu và chặt phá rừng làm tăng hiệu ứng khô đi của các cây đã chết và làm tăng các vụ cháy rừng[36].